碇唯“復活”并沒有在nerv造成多大的影響，事實上除去冬月副司令和律子這樣的核心成員外，nerv幾乎沒人知道碇唯。
　　日子一天天過去，nerv的重建十分順利。與此同時，政府也開始對nerv進行了大刀闊斧式的改革。
　　出于對eva強大力量的恐懼，聯(lián)合國在一番討論之后出臺了《evangelion禁止法案》，決定禁止一切關于eva的使用和研發(fā)，現(xiàn)存的四臺eva、莉莉絲和郎基努斯之槍將全部沉入太平洋洋底，永久的封印起來。nerv也不再作為絕密的特務機關存在，而是改革重組成為一個全新的科研機構，依舊附屬于聯(lián)合國，繼續(xù)研究生命進化學。
　　碇源堂雖然依舊掌握著nerv，但是這時候已經(jīng)不能再他叫“司令”了，而應稱他為“nerv研究院院長”。冬月則拒絕了“副院長”的頭銜，他說既然一切都已經(jīng)結束了，他想回到校園做回自己的老本行，也就是老師，當然，這不代表他離開了nerv，他在nerv還掛著個“顧問”的頭銜。
　　冬月拒絕了任聘后，這個副院長的職位就自然而然的落在了美里的頭上，美里算是又升了一級，可喜可賀。律子依舊是nerv的首席科學家。加持則離開了nerv，開始真正為內(nèi)務府工作，據(jù)說他也升官了。青葉茂、日向誠、伊吹瑪雅自然還留在了nerv。
　　至于真嗣、明日香和麗，沒有了eva，現(xiàn)在他們只是普通的十四歲小孩子了，他們的生活重新歸于平靜，平靜的甚至有些無聊，但是真嗣和麗卻覺得這種無聊的日子十分幸福，只有明日香偶爾會發(fā)一聲牢騷“好無聊啊——”
　　在nerv重建的差不多后，政府開啟了重建第三新東京市的項目，或許，現(xiàn)在應該叫第四新東京市了。重建的第四新東京市就坐落在地底世界的戰(zhàn)場上，nerv“金字塔”的旁邊，政府似乎是打算把第四新東京市打造成一個國際科研都市，在政府和聯(lián)合國的大力支持下，第四新東京市日新月異，一棟棟高樓在“金字塔”旁拔地而起。
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　　一晃半年時間過去了，這一天，天剛剛亮李曉就早早的起床了。他先是沖了個澡，然后站在鏡子前，將頭發(fā)梳成大人模樣，再穿上一套帥氣西裝，看著鏡子里英姿勃發(fā)的自己，李曉滿意的點了點頭。
　　為什么今天李曉刻意打扮了一番，而且還穿的這么正式呢？那是因為今天是一個特殊的日子，今天，美里和加持要結婚了！
　　一個月前，美里突然宣布她和加持要結婚了。經(jīng)過一個月的精心準備，這一天終于來了。
　　兩人結婚的地點就選在nerv本部，一是因為第四新東京市還沒有建造好，二是因為這里承載了美里和加持太多的回憶，而且經(jīng)過一番重新裝修后，nerv的內(nèi)部結構已經(jīng)完全變了，現(xiàn)在的nerv是一所純粹的科研機構，這里不再對外保密，甚至允許研究人員將自己的家屬接進來一起住，已經(jīng)儼然是一座埋在地下的小型都市了，而適合作為結婚場地的大型禮堂自然也是有的。
　　李曉來到禮堂的時候已經(jīng)是人山人海，他在人群中隨意的轉了一圈，忽然意外的發(fā)現(xiàn)在角落里的一張餐桌上，明日香和渚薰正坐在那里。渚薰同樣是一身得體的黑西裝，明日香則穿著一件熱情似火的紅色短裙禮服，這兩人的組合雖然十分稀奇，但是不得不說俊男美女坐在一起還是相當養(yǎng)眼的。
　　另外順便一提，渚薰還活著這件事碇司令已經(jīng)知道了，現(xiàn)在使徒已經(jīng)滅絕，eva也封印了，所以碇司令也沒說什么，算是默認了渚薰的存在。自從碇唯回來后，碇司令整個人就好像變了一樣，雖然依然總是板著個臉，但比之前可要有人情味多了。
　　李曉走過去，對明日香和渚薰打招呼：“你們倆夠早的啊。”