在關(guān)東的某處，對即將到來的強敵尚且一無所知的助手一行，此刻正享受著他鄉(xiāng)遇故知的喜悅之情。
　　“呀~沒想到源治你們也來挖化石啊……”
　　“皮卡皮~”
　　“美麗的小姐，在見到您的一瞬間，小生我就生病了——沒錯，那就是命為戀愛的不治之癥！”
　　“是是，總之你先消停點……”
　　——不過這種喜悅之情實在有限就是了。
　　這片有著“大傻谷”這一充滿侮辱性名字的山谷地帶，由于不久之前收到了“發(fā)現(xiàn)了遠古寶可夢化石”的消息而頓時熱鬧起來，來自五湖四海無數(shù)想碰碰運氣一夜暴富的二流子紛紛涌來，世界于是迎來了大開礦時代……不好意思串臺了。
　　不過在三人中，希羅娜和小哀都沒有什么金錢上的煩惱，唯一一個會為了斂財不擇手段的家伙也礙于人多耳雜而自覺避免在這種場合下手。
　　之所以大老遠跑到這里來挖礦，歸根結(jié)底還是為了冠軍小姐的人情。
　　“求您了希羅娜小姐，哪怕是糞便化石也好給我?guī)б稽c什么回來吧！最近都快忙死了偏偏還有人叛逃已經(jīng)好幾個月沒時間下礦了！再這樣下去我會死的！真的會死的！好像去山洞里好想要化石好想去挖點什么啊！”
　　以上就是從芳緣傳來的一段簡訊。面對這種請求實在讓人忍不下心去回絕。
　　而跟著這股淘金熱而來的三人一剛到站，抬眼就看見連把鎬子都沒帶、也不知道是來干什么的小智一行……
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　　在尼比市經(jīng)歷了小剛一家的父子相殺（最后是六尾靠著迷之原理使用噴射火焰和胡說樹的巖崩打成平手），又在華藍市看著小霞與姐姐三人眾纏♀綿了一番之后，一行人繼續(xù)向東前進，途徑最近正在進行大規(guī)模新能源建設(shè)的黑云市，來到了一座名為馬察市的城市。
　　這里的喬伊小姐告訴他們，寶可夢中心最近出了一系列怪事，許多被儲存進電腦的稀有寶可夢卻莫名其妙的變成了普通的寶可夢，另一方面，每當(dāng)自己進行諸如洗澡、上廁所、換衣服之類的活動時，總能感到背后有隱隱的視線，但卻怎么找也找不到元兇。
　　三人循著線索，找到了寶可夢儲存系統(tǒng)的發(fā)明人秋葉原博士。這位怎么看都像是偷窺犯的肥宅博士告訴他們，自己出于不可告人之目的制造的寶可夢“3d龍零號機”被人偷走了，或許是有人利用它的力量將被存入系統(tǒng)的寶可夢調(diào)換了也說不定。
　　從博士那里拿到了“3d龍初號機”后，小智等人被傳送進電腦世界，理所當(dāng)然地發(fā)現(xiàn)了操縱零號機行竊的火箭隊三人
　　。正當(dāng)所有人都以為接下來就是“好討厭的感覺”的老套路準備快進的時候，因為遭到偷窺而暴怒的技術(shù)宅病嬌喬伊小姐向電腦世界植入了殺毒軟件，試圖將偷窺現(xiàn)行犯的3d龍、盜竊現(xiàn)行犯的火箭隊以及什么都沒干但是為了滅口不能讓他們活下去的小智一行統(tǒng)統(tǒng)干掉。
　　就在劇情已經(jīng)轉(zhuǎn)入黑客帝國·無印篇之時，察覺到眾人深陷危機的秋葉原博士果斷站出來向喬伊小姐表白心跡——指使3d龍偷窺的都是我，打也好殺也好滴蠟也好鞭打也好請都沖著我來吧！