為了確認(rèn)藍(lán)魔鬼的行蹤，x教授派出暴風(fēng)女和琴葛蕾博士，前往波士頓進(jìn)一步調(diào)查。但所有人都沒(méi)料到，史崔克將軍的特種部隊(duì)抓住機(jī)會(huì)乘虛而入，發(fā)動(dòng)奇襲重創(chuàng)了x學(xué)院，不但放走了萬(wàn)磁王，還逮捕了x學(xué)院中的學(xué)生并控制住了x教授。
　　在沖突中，金剛狼與史崔克將軍的交鋒，令金剛狼察覺(jué)到史崔克將軍與自己過(guò)去的記憶有著千絲萬(wàn)縷的關(guān)系。但是記憶碎片的沖擊卻使金剛狼陷入記憶深處的混亂而失去了戰(zhàn)斗力，直到小淘氣、冰人、和火人趕來(lái)相救，才使他得以逃離險(xiǎn)境。
　　但是，自以為躲過(guò)一劫的x戰(zhàn)警們卻還沒(méi)有意識(shí)到，史崔克將軍的真正目標(biāo)并不是學(xué)院中的學(xué)生，而是x教授所使用的，可以找到世界上每一個(gè)變種人的x主腦！
　　史崔克將軍的兒子杰森也是一名變種人，并曾在x學(xué)院中學(xué)習(xí)，代號(hào)“變種人143”，特有的意識(shí)操縱能力與x教授頗有淵源。但是，史崔克將軍的邪惡野心卻妄圖利用自己兒子的超能力操縱x教授，控制x主腦來(lái)向世界各地的變種人發(fā)動(dòng)腦波攻擊。
　　與此同時(shí)，金剛狼等人與琴葛蕾博士和暴風(fēng)女在波士頓匯合，并且成功招募了藍(lán)魔鬼，使x戰(zhàn)警的隊(duì)伍中又多了一名強(qiáng)有力的成員。
　　重獲新生的x戰(zhàn)警們來(lái)到冰人的家中，準(zhǔn)備稍作休整。但是，冰人的家人卻可恥地背叛了自己的孩子，向政府報(bào)警而因此引來(lái)了軍方的圍堵，甚至連x戰(zhàn)警乘坐的x戰(zhàn)機(jī)也被軍機(jī)擊落！
　　就在千鈞一發(fā)之際，感受到史崔克威脅的萬(wàn)磁王在緊要關(guān)頭出現(xiàn)，令人意外地出手救下x戰(zhàn)警，并且建議x戰(zhàn)警與自己展開(kāi)合作，共同對(duì)抗變種人共同的敵人--史崔克。
　　戰(zhàn)斗的過(guò)程中琴葛蕾為了拯救同伴被洪水淹沒(méi)在了湖底，但是x戰(zhàn)警們也挫敗了史崔克將軍的陰謀。
　　之后就是2006年美國(guó)政府通過(guò)復(fù)制一個(gè)具有可以抑制變種人基因的男孩的細(xì)胞研制出了可以使變種人失去能力的藥物，這引起了變種人群體的巨大爭(zhēng)議與恐慌。
　　萬(wàn)磁王借此機(jī)會(huì)四處宣揚(yáng)美國(guó)政府將以此發(fā)動(dòng)滅絕變種人的戰(zhàn)爭(zhēng)而召集各地的變種人加入其變種人兄弟會(huì)。
　　另一方面，x戰(zhàn)警發(fā)現(xiàn)了此前犧牲自救拯救眾人的琴格雷，x教授感受到了其體內(nèi)黑暗人格“黑鳳凰”的異動(dòng)。
　　之后琴的力量暴走，x教授帶領(lǐng)x戰(zhàn)警與萬(wàn)磁王同時(shí)找到了琴。x教授決定憑借自己的力量將琴?gòu)暮诎等烁裰姓瘸鰜?lái)，卻受到了琴黑暗人格的抵抗而灰飛煙滅，而琴則與萬(wàn)磁王一起離開(kāi)。
　　絕望中的暴風(fēng)女決定領(lǐng)導(dǎo)逆境中的x戰(zhàn)警并繼續(xù)維系變種人學(xué)院。金剛狼為了拯救琴深入變種人兄弟會(huì)，期間發(fā)現(xiàn)了萬(wàn)磁王意圖，以可以使變種人失去力量的男孩為目標(biāo)，依靠變種人兄弟會(huì)與琴的力量向人類發(fā)動(dòng)戰(zhàn)爭(zhēng)。
　　為了拯救黑暗中的琴，也為了化解人類與變種人的這場(chǎng)互相滅絕的戰(zhàn)爭(zhēng)，金剛狼召集了x戰(zhàn)警，決定與萬(wàn)磁王和變種人兄弟會(huì)展開(kāi)一場(chǎng)殊死搏斗。